Xã Cư Knia được thành lập vào ngày 15 tháng 8 năm 2001 trên cơ sở 2.987 ha diện tích tự nhiên và 3.278 người của xã Trúc Sơn.[1]

Ngày 12 tháng 1 năm 2021, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết 1190/NQ-UBTVQH14 về việc điều chỉnh địa giới đơn vị hành chính cấp huyện, xã thuộc tỉnh Đắk Nông (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2021)[3]. Theo đó, điều chỉnh 2,56 km² diện tích tự nhiên của thôn Năm Tầng thuộc xã Đắk R'La, huyện Đắk Mil về xã Cư Knia quản lý.